康熙屡次禁止科派、加征，为何屡禁不绝？他摘取了哪些措施防治？
顺治十八年四月，四川道御史夏人佺揭露地方官“加派”的严重状况。他在向清廷的奏报中说：现今田赋正额，每亩多不过二三钱，少只几分，按说赋税确实不重，但“地方官摊派科敛，较正额多且十余倍，少或数倍。”由此亦见当时“州县私派私征”是何其严重！
主管的司、道、府、厅等官又不予“检查”，任其所为，使百姓深受苦累。岂止地方官，连朝廷也搞“加派”，限于财政进不敷出，即于顺治十八年八月，公布恢复明末所增“三饷”中的“练饷”一项。明末档册多毁于战火，户部无法找到“练饷”的旧案卷，只有“遗单”一张，内载每亩征派一分。
这种明征明末加派的“练饷”，完全违犯清人关初对全国百姓的许诺，加征数字每亩一分，等于现征赋额的二分之一或三分之一，不能说少。可能户部也知道此举不得人心，唯恐日久生变，便限令三个月突击征收完毕。刚刚就职的四辅臣即批示：“如议速行。”
至十二月，年幼的圣祖在阐明不得已征收上述加派的苦衷时说：“前因世祖章皇帝山陵大工及滇闽用兵，钱粮不足，不得已于直隶各省田赋，照明末时练饷例，每亩暂加一分，以济军需。”因此，他下令：“除顺治十八年已派外，康熙元年，通行停止。”他责成户部将此决定，尽速通告全国，使百姓人人知道。
国家的“加征”得到纠正，但地方的“私派”如故。康熙三年五月，四川御史马大士提出惩治方法：以后如司道府厅等官对下属州县私弊隐瞒、蒙混不报者，由上级督抚“题参”将司道府厅官革职；若司道府厅等官上报，而督抚隐匿徇私不报，则由科道官指名“题参”，将督抚降五级调用。户部批复赞同。
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康熙四年三月，圣祖指示吏部：最近听说，地方官“贪焚者多”，征收线粮，加添火耗，或“指公费科深，或“向行户强取，借端肥己，献娟上官；下至户书里长等役，恣行安派，小民困苦，无所伸告。”此类事，由科道官“不时察访纠参”。以前，夏秋征收钱粮，原有定期，而今地方官却“予征”隔年钱粮。圣祖很生气地说：这样做，“小民”怎能承担得起！他下令：“以后予征停止。”
圣祖即位五年间，已屡次明令禁科派、加征，可是，此类弊端还是屡禁不绝。康熙六年六月，内弘文院侍读熊赐履说：“私派倍于官征，杂项浮于正额”；受灾蠲赋，“则吏收其实，而民受其名；赈济，则官增其肥，而民重其瘠。”所以，征收钱粮，“民不苦于正额之有定，而苦于杂派之无穷。”第二年六月，圣祖已经亲政，召见户部官员，指出：“向因地方官员，滥征私派，苦累小民，屡经严饬，而积习未改…致小民脂膏竭尽，困苦已极。”
他既对百姓“甚悯之”，又对地方州县官作弊及督抚徇庇表达出“深可痛恨”的愤怒之情，责成户部严查。圣祖并非说说而已，对那些置法不顾的官员，必绳之以法。康熙二十四年九月，山西巡抚满洲人穆尔赛被揭穿就是一个典型。他的罪状主要是在他管辖的文水等县多加“火耗”，窃为己有，其次是女儿出嫁时，向其属官索取礼物。事发后解至京师严审，事实俱在，圣祖判处他死刑，待秋处决。
鉴于以往的教训，清廷对选拔官员制定更为严厉的条件，康熙二十四年十月，吏部提出：督抚等荐举保举府州县官，须保证两条，在册内填上一条是被保举人“无加派火耗”的字样；一条是填人“实心奉行上谕十六条，每月底，聚乡村乡约讲解字样。”如保举不实，依照“徇情荐举卓异例”，给督抚各降二级调用的处分；提供保举详尽情状的司道府官，各降三级。
加派、科敛，都是地方官盗用公家的名义，向百姓额外摊派，可谓巧取豪夺。这种税外加税，额外增额，实际是地方官贪赃害民。如此致使百姓负担加重，自然积怨于朝廷，久之便生祸乱。圣祖和他的开明大臣们深知其弊将带来的严重后果，故一再告诫户部，反复发布禁止私派的严令，对其重犯予以惩处。
圣祖为此进行了长期斗争，约从康熙三十年以后，科派、加征的事大为减少，但无法根绝。康熙三十九年十月，圣祖面嘱河南巡抚徐潮道：“闻河南火耗甚重，尔往当严行禁止。”徐潮回答道：“臣闻河南有几州县火耗最重，此外尚有私派，臣当严行禁革。”表明私派之类确已减少，仅在部分地区时有发生，有的不失为严重，但全局日渐稳定，官民相安无事。
秦汉以来，历代有一个传统，这就是：一方面，官员不得经商，不得参与经济贸易活动。中国自古就是以农业立国的国家，“重本抑末”是相沿不变的传统。以农业为首，视农业以外的各行业为“末业，更以经商为骏，没有什么社会莞位。西汉初立，限制商人的千孙不得为官，商人不得穿衡缘等，充商人看成是下贱的人，如同妓女，加以提防，惟恐人们舍本逐末，危害国家。
另一方面，官员经商必然与民争利，他们利用手中的权力，动用国家的资财进行商业活动，无不大赢其利，国家的财富，百姓的利润，都被官吏攫取。他们经商，必然携乱经济秩序，也使政府腐朽、堕落，危及统治。因此历代以宫员经商为大忌，而加以严禁。
清初，对官员经商也摘取了严禁的政策。康熙六年七月，左都御史王熙提出“请禁官员贸易之害”一疏，揭穿各级官员利用家人强占市场、贸易关口，不许商民贸易，敷行霸市，垄断贸易，牟取暴利，商民深受其害。
户部据此，作出严厉规定：今后王公以下，文武大小各官家人如“强占关津，不容商民贸易者”，就地“枷号三个月”，属百姓者，责打四十板：旗人者，鞭打一百。纵容家人的藩王，罚银一万两；公爵，司银一千两，都将治理家务官革职，将军、督抚以下文武各官俱革职。假如兵民商假冒王公文武各官之名，“照光棍例治罪，货物进官。圣祖批准实行。
此令，对官员从事贸易活动进行严处，而对不法之徒也予严禁，以保证贸易、经商正常进行。此前，康熙四年九月，已下令严禁国家收税官员扰害商民正常的经贸活动。收税官员“希图肥己”，任用当地地痞、恶棍，巧立名目，另设私秤，于定额之外，“恣意多素”，“或指称漏税”，随意逮拿过往商民、要扶诈取钱财，或将原不抽税的民间细碎之物及衣服等类，也违例征收，不交税则不许过关，直到顺遂其贪心方休！“此等弊端甚多，难以枚举。
圣祖生气地说：“违犯国法，扰害商民，殊为可恶！”以后如有发现，必予“从重治罪”，其督抚也以“徇纵之罪”论处。为防止税官额外榨取商民，原定收税超额者“加级笔录”，以示鼓励的政策，也已于康熙四年初“永行停止”。
朝廷一面严禁官员经商，一面鼓励和保护商民正当的商业活动。山东青州、登州、莱州等处沿海居民，一向以捕鱼为生，因“禁海”多有失业，从康熙四年三月起，准予开海捕鱼，“以资民生”。康熙二十三年，台湾业已收进版图，浙江沿岸地方也照山东等处之例，开海禁，准予百姓装载五百石以下船只，“往海上贸易捕鱼”。
有的大臣意见：在福建、广东沿海地桥道渡口等处设备征收定额税款。圣祖对此却另有考虑，还是要使沿海居民保有生计，渐致富足，不致再牵累内地向沿海地区转饷运输，百姓皆获安宁。但他不赞同再于桥道渡口等处设关征税，实则又“增设一关科敛”。
康熙二十四年三月，全面开海禁。议政王大臣会议认为：“今国内一统，寰字宁谧，满汉人民俱同一体，应令出洋贸易，以彰庶富之治。”圣祖照准，指出如有人“倚势横行，借端生事，贻害地方”，要“严加禁伤”；若有违法者，当地督抚要指名参奏。圣祖决定开海禁，答应沿海居民出海贸易，是一项进取举措，但是，不准外国人来华贸易，实属愚味。按传统做法，外国人只有在对华“朝贡期”内答应贸易，期限一过，即停其贸易，贡使便打道回国。
经查，外国人在贡期外从事贸易的康熙初年只有两次，康熙二年准荷兰国贸易一次，三年准远罗国贸易一次。五年，公布：下不为例，“永行停止”。七年，重申此项决定：以后，如属非系贡期，“概不准其贸易”。圣祖不准外国人来华贸易的政策，影响了清朝一百多年，后世子孙亦顽固地坚持，因此而贻误了中国的发展，圣祖为始作俑者。